Тут простая арифметика.
Например есть два кандидата "1" и "2" и есть две специальности "А" , "В".
"1" - написал "А" - основная
"В" - запасная
"2" - написал "В" - основная
"А" - запасная
Для кандидата "1" в случае положительного прохождения всех этапов (КЭ, ФП, ВВК) он и останется в конкурсном списке специальности "А".
Вот если "2" тоже все прошел положительно и не прошел по конкурсу в "В" и при этом в специальности "А" остались вакантные места, т.е. по результатам ВВК, ФП и КЭ список поредел и стал меньше госзаказа, то кандидату "2" предложат перебраться на вакантные места списка "А". Это означает, что он не конкурент первоочередникам списка "А". Если еще проще - второчередники борются только за оставшиеся вакантные места и у них свой конкурсный список из второочередников!
Аналогично и при зеркальной ситуации, когда в "А" не прошел кандидат "1" и он уже примеряется в "В".
Та же логика и с тремя вариантами - сначала 1 -я очередь. Не прошел - целится во 2-ю очередь, если и там невезуха (нет вакансий) - значит идет в третий вариант при условии что там есть вакансии.